作物への被害は無いと言っても、コバエはどんどん増えていきますよ。
水やりは乾燥気味とかほとんど関係ありません。自分も同じような経験がありますので。
家のなかで果物が腐敗して放置しておくと大量のコバエが繁殖しますが、ガーデニングも同様です。
原因は有機の臭いです。臭いが無ければ乾燥気味でコバエを防げますが、コバエは人間の何百倍も臭いに敏感なのか、人間がわずかに感じる程度の有機質に集まり、そこで卵を産み付けあっという間に増えます。
そしてその有機質が土全体に染み渡り、取り返しがつかないほどのコバエ天国になります。
ベランダガーデニングで有機質はコバエを呼ぶためみたいなものです。
もともとガーデニング用で売られている培養土もレベル低いもの、臭いある有機質配合されているものも多く有機質肥料使わなくてもコバエが集まってくることも。
もし、土には問題無さそうでしたら、有機質加えた部分を取り除き、臭いが出ないよう大丈夫な土で３センチ以上は覆うようにしてください。
臭い出さなければ改善できます。
万一無理でしたら、今後は有機質とか加えられていない上質の土と化成肥料の組み合わせを。
自分も今は化成肥料のみ(液体タイプ、一部に有機質肥料が入っているくらいなら問題ありません)ですが、コバエの悩みは解消されています。
有機質でも、[アルギンゴールドエキス]のような海草系は使えます。アミノ酸たっぷりで育ちます。また、肥料を購入するとき、無臭と明記されているものも安心です。
早いうちに改善されることをおすすめ致します(^^。